มีลักษณะเป็นเทือกเขาสลับซับซ้อน วางตัวในแนวเหนือใต้ เนื่องจากเป็นปลายเขาผีปันน้ำตะวันออก ทอดตัวลงมาจากประเทศลาว สูงจากระดับน้ำทะเลประมาณ 400 - 1,752 เมตร เป็นพื้นที่ที่มีความลาดชันสูง มีที่ราบเฉพาะบนสันเขา มีแหล่งน้ำอุปโภคบริโภค คือ น้ำประปาภูเขา และมีอ่างเก็บน้ำบ้านสะเกิน 1 แห่ง

สัตว์ป่าที่อาศัยอยู่ในอุทยานแห่งชาติถ้ำสะเกินเป็นจำนวนมาก ได้แก่ หมูป่า เก้ง กวาง ลิง และเลียงผา และสัตว์ที่นับว่าเป็นจุดเด่น ได้แก่ ลิง นกนางแอ่น เต่าปูลู นกแว่นสีเทา เก้ง และเลียงผา

เส้นทางคมนาคม (ถนน) ระยะทางจากจังหวัดน่าน ถึงอำเภอสองแคว ประมาณ 75 กิโลเมตร และระยะทางจากอำเภอสองแคว ถึงสำนักงานถ้ำสะเกิน 38 กิโลเมตร เป็นถนนลาดยางตลอดเส้นทาง

อุทยานแห่งชาติถ้ำสะเกิน มีศูนย์บริการนักท่องเที่ยว มีเจ้าหน้าที่ประจำในการติดต่อสอบถามให้รายละเอียดเกี่ยวกับอุทยานแห่งชาติ และการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ ทางอุทยานฯ มีบ้านพักจำนวน 1 หลัง สามารถพักได้ 30 คน และมีสถานที่กางเต้นท์ จำนวน 1 แห่ง พักได้ทั้งหมด 50 - 100 คน และร้านสวัสดิการอุทยานฯ บริการอาหาร เครื่องดื่ม สนใจติดต่อได้ที่ทำการอุทยานแห่งชาติถ้ำสะเกิน ตู้ปณ.18 อำเภอท่าวังผา จังหวัดน่าน 55000 โทร. (054) 779094 หรือติดต่อสอบถามได้ที่งานบริการบ้านพัก ฝ่ายนันทนาการและสื่อความหมาย ส่วนอุทยานแห่งชาติ สำนักอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ กรมป่าไม้ กรุงเทพฯ โทร.5797223 , 5795734 หรือ โทร.5614292 - 4 ต่อ 724 , 725